Evtl. ist da ja doch irgendein Fehler in der BD.
Sonst sollten derartige Dinge eigentlich nicht vorkommen, solange Du die Länge nicht durch ein In/Out verändert hast.
Kannst Du den „Abbruch“ evtl. irgendwie mit den in Edius angezeigten Clip-Thumbnails in Verbindung bringen?
Du könntest auch mal HandBrake, oder das von Kurt genutzte Movavi probieren.