Evtl solltest du der Authoring Anwendung die Video Daten als elementare Streams zuführen.
Das heißt, einen Demuxer vorher anwenden und beide Streams getrennt in die Timeline legen.
Sehr gut eignet sich dazu der Tsmuxer:
http://www.smlabs.net/tsmuxer_en.html
Wenn DVDA Smart-Encoding unterstützt würde ich beim Demucen den Stream gleich noch als LEVEL 4.1 kompatibel flaggen.
Jim